南京海关积极优化联运中转监管模式，配合上海海关实现水运进口联运中转自动审放，支持江苏(苏州)国际铁路物流中心开展海铁联运业务，实现与上海洋山港、芦潮港的无缝对接，推动运输方式“公转铁”顺畅转化。支持构建区域物流中心，在苏州工业园区港增设海关监管作业场所，打通园区与上海港口间的水上运输体系。
为协调融合发展，积极开展跨关区合作，南京海关积极参与建立属地纳税人协同征管机制，推动长三角原产地管理向进出口并重的全链条管理转变。为助力稳外贸促增长，南京海关探索形成了跨区域跨部门协同解决问题工作格局和以点带面推动制度创新工作模式。
